MySQLは5.5からデフォルトのエンジンがInnoDBに変わったようだ。そのため、メモリ稼ぎのために/etc/my.cnfの[mysqld]セクションにskip-innodbを追加してもエラーとなり起動できなくなる。よくわからないのでとりあえずそのまま動かしていたのだが、default-storage-engine=MyISAMをさらに追加することでinnodbをスキップすることができるようになることを知った。
しかしそれで起動すると、WordPressがデータベース接続エラーとなってしまう。どうもテーブルタイプをMyISAMに変更しないといけない感じなので、テーブルをすべてalter table （テーブル名） ENGINE MYISAM;したら動いた。よかった。。