Native Clientは新しくPepperプラグインインターフェースをサポートしている。PepperプラグインをたどっていくとなぜかMozilla Wikiへ。
https://wiki.mozilla.org/NPAPI:Pepper
何で？
それはさておき、とりあえずはこのページを見て勉強するか。。
https://sites.google.com/a/chromium.org/dev/nativeclient/getting-started/getting-started-background-and-basics